Рафаэль Яппаров окончил Башкирский государственный медицинский институт и Башкирскую академию государственной службы и управления при Президенте Республики Башкортостан. Начинал карьеру врачом-хирургом в Кумертауской центральной районной больнице. В 2007 году недолго пробыл помощником министра здравоохранения республики. С ноября 2017 года по настоящее время возглавлял республиканский центр СПИД. Имеет звание «Отличник здравоохранения РБ».

Напомним, в августе прошлого года активисты в Башкирии жаловались на дефицит АРВ-препаратов , а пациенты – на нехватку врачей.